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科學(xué)家生成人類(lèi)全基因組
更新時(shí)間:2016-03-07   點(diǎn)擊次數(shù):1484次

ELISA試劑盒研究人員生成了兩個(gè)人類(lèi)全基因組的基因調(diào)控子圖集。兩篇論文報(bào)道。篇是轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)圖集,即RNA聚合酶開(kāi)始將DNA轉(zhuǎn)錄成RNA;第二篇是增強(qiáng)子激活圖集,非啟動(dòng)子DNA的延伸上調(diào)某些基因的轉(zhuǎn)錄。
這是一個(gè)對(duì)不同細(xì)胞類(lèi)型的轉(zhuǎn)錄子活性進(jìn)行非常廣泛的調(diào)查,是一個(gè)非常寶貴的資源,并且在目前來(lái)說(shuō),這也是相當(dāng)*,*可比的資源是基因型與組織中的表達(dá)程序( GTEX ) ,當(dāng)大量收集有效轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)的時(shí)候,特別是原代細(xì)胞。我覺(jué)得這是非常重要的。很多人會(huì)發(fā)現(xiàn)這數(shù)據(jù)是非常有用的。
人類(lèi)基因組,并確定基因表達(dá)是如何產(chǎn)生那么多種細(xì)胞類(lèi)型。參與DNA元件百科全書(shū)(ENCODE)計(jì)劃的成員中,利用染色質(zhì)免疫沉淀分析和DNA酶敏感區(qū)定位法,此外,為了確定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合DNA和染色質(zhì)“開(kāi)放”位點(diǎn),因此用DNA酶進(jìn)行切割。使用多種細(xì)胞系和只研究少數(shù)細(xì)胞類(lèi)型,研究無(wú)數(shù)的原代細(xì)胞和組織類(lèi)型,以及細(xì)胞系。
ELISA試劑盒為了創(chuàng)建這些圖譜,分析基因表達(dá)( CAGE )測(cè)序rna轉(zhuǎn)錄啟動(dòng)子。通過(guò)映射 CAGE 標(biāo)簽上的人類(lèi)基因組,研究所領(lǐng)導(dǎo)的研究組鑒定出位于轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的啟動(dòng)子區(qū)域。研究人員使用CAGE 識(shí)別出人類(lèi)原代細(xì)胞、組織樣品和永生細(xì)胞系的啟動(dòng)子,他們發(fā)現(xiàn),許多基因具有多個(gè)轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn),并且在不同類(lèi)型的細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄起始的位置也不同。
采用CAGE ,研究組也確定了增強(qiáng)子的RNA轉(zhuǎn)錄序列。其他研究組先前表明,一些增強(qiáng)子是雙向轉(zhuǎn)錄——從中心開(kāi)始往外面兩個(gè)方向轉(zhuǎn)錄,兩條DNA鏈同時(shí)進(jìn)行。研究小組發(fā)現(xiàn)的證據(jù)表明,雙向轉(zhuǎn)錄是增強(qiáng)子激活的一個(gè)明顯特征。CAGE檢測(cè)出約75 %的增強(qiáng)子促進(jìn)HeLa細(xì)胞中的報(bào)告基因表達(dá),比以前通過(guò)ENCODE鑒定出非轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)子的多。

ELISA試劑盒在這么多類(lèi)型的細(xì)胞,這一數(shù)字[增強(qiáng)子激活]是在一種低端領(lǐng)域中,其他組也發(fā)現(xiàn),增強(qiáng)子生成RNA量非常低。我的理解是,他們同時(shí)擁有[一]高真陽(yáng)性率,和假陰性率。所以,無(wú)論他們確定什么,我相信那些是真實(shí)的,激活的增強(qiáng)子,但它們也可能會(huì)錯(cuò)過(guò)激活的增強(qiáng)子,那是因?yàn)榈拓S度的eRNAs。
增強(qiáng)子和啟動(dòng)子的在未來(lái)的用途,定義到不同的細(xì)胞類(lèi)型提高將一個(gè)細(xì)胞轉(zhuǎn)化成另一個(gè)類(lèi)型的細(xì)胞的可能性。它也可以幫助預(yù)測(cè)一個(gè)特定癌癥是否要轉(zhuǎn)移。

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